L'histoire mouvementée de l'abbaye Sainte-Croix s'est inscrite profondément dans la physionomie générale de l'ancienne église abbatiale et de son cloître. Il n'est donc pas surprenant de lire les traces des ses avatars successifs dans l'architecture de l'édifice actuel. Il est tentant de regretter les destructions passées, et les aménagements modernes, ayant modifié l'aspect originel de l'édifice. Il faut cependant garder à l'esprit le fait que ces transformations, parfois regrettables, mais toujours liées à l'usage quotidien de l'édifice, ont pu sauver l'église, le cloître et ses bâtiments annexes, de l'abandon, voire de la destruction. Les exemples d'édifices anciens, ayant perdu leur fonction originelle, détruits sous couvert de vétusté, ne sont pas rares.

Nous pouvons donc nous réjouir que l'église et son cloître, en l'absence de toute protection, n'aient pas subi plus d'outrages. Pour des raisons historiques en partie liées à l'annexion de 1870, et à une prise de conscience tardive de ses qualités architecturales, l'édifice ne fut inscrit sur la liste supplémentaire des Monuments Historiques qu'en 1980 et classé en 1999. Il rejoignait ainsi, avec quelque retard, les 24000 monuments déjà classés en France.